傳統的精品博物館強調物件本身的價值,但本所典藏的文物因各有所屬的歷史脈絡或考古情境,因此本館的規劃亦打破一般博物館的精品陳列方式,期望能導引觀者進入文物所處的情境,深入了解其蘊藏的文化內涵。

全館以本所的治學理念——「新學術」精神為主軸,將歷年研究成果與素材規劃成不同的展示主題。一樓的考古空間以時間為軸,內容包括新石器時代龍山文化、殷商、西周、東周幾個相延續的上古文明;二樓歷史空間則依史料類型來區分,包括居延漢簡、珍藏圖書、內閣大庫檔案、中國西南民族、豐碑拓片、臺灣史料六大主題及特展區,由本所各領域的研究人員分別撰文,詮釋文物的歷史脈絡與文化意涵。參觀動線由二樓大廳開始,各展區由此向外輻射,各自以既獨立又相連的空間區塊呈現。

二樓的每一展區皆有一個引介式的空間先介紹文物入藏的經過及其學術價值,再經由空橋的導引,與展示文物的另一空間相連。二樓地面上透明的挑空玻璃,以及從上而下進入一樓的動線設計,都是為營造一樓考古空間深入地底的氛圍而設計的。在一樓展區中,通過玻璃牆構成的抽象時間走廊將各展區串連起來,原本館舍柱列過多可能造成的空間限制,則被巧妙地轉化為以空間區塊虛擬歷史斷代的形式。本區的展示除了配合相關的墓或工作照片外,最大的特點就是將整個墓葬出土時的所有文物全數展出,以凸顯考古出土物的脈絡與特色。