不同於傳統文人雅士,或一般精品博物館的古董收藏,史語所收藏的文物,主要為本所遷臺以前在中國大陸,以及遷台以來在台閩地區從事田野工作的成果,其目的則是作為學術研究的素材。


本所文物若按材料區別,有石、骨、蚌、陶、玉、青銅等器物,及竹木簡牘與紙本的檔案圖書。按時代別,則可上溯舊石器時代,下至明、清、近現代。按地區別,則有的遠自歐洲,有的近在臺灣,大部分出自中國。


其中除圖書、金石拓片藏於本所傅斯年圖書館,明清時期內閣檔案藏於明清檔案工作室外,其餘十四餘萬件文物,皆收藏於本館。主要內容如下:
 
  1. 本所於中國大陸時期發掘的考古遺物十萬餘件。其中河南安陽殷虛遺址出土遺物約佔庫藏量70%;另外,尚有河南濬縣辛村、輝縣琉璃閣、汲縣山彪鎮,山東濟南城子崖、日照兩城鎮,甘肅敦煌佛爺廟、武威喇嘛灣及民勤三角城等遺址出土遺物。
  2. 原摩梯耶( Mortillet)父子收藏 歐洲舊石器 七千餘件。
  3. 傅斯年 先生購於北平的商周青銅器一批。
  4. 居延漢簡 一萬三千餘件。
  5. 中國民族學文物 約一千餘件。