本所內閣大庫檔案原為清宮「內閣大庫檔案」一部份,內含各色文書約三十一萬件,包括詔令、題奏、移會、賀表、三法司案卷、實錄稿本、各種黃冊、簿冊、內閣各廳房處與修書各館之檔案,以及試題、試卷等,是研究明清政治制度、社會、經濟、軍事、法律的珍貴史料。這批檔案在清末由於庫房損壞而被移出大庫,數易其主,最後在本所創始人傅斯年先生與陳寅恪先生的奔走下,以重金購入收藏。本區的展示主要區分為「滿族天下」、「官方文書」、與「科舉考試」三個主題,內容除了內閣收貯的制詔誥敕、題奏本章、史書、朝貢國表章,還包括內閣各廳房處的檔案、修書各館檔案,以及科舉考試的試題、試卷、大、小金榜等,對清代的制度、社會、經濟等方面的瞭解,提供了重要的材料。